Прошло несколько лет после событий, описываемых в первом фильме. Суррогатная мать Уинтер, старая дельфиниха по имени Панама, скончалась. В итоге Уинтер осталась одна, а по законам Министерства сельского хозяйства США дельфинов нельзя содержать по одному.

Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя.